Совместное применение графа де Брюина, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома

В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа – сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка контигов. На первом этапе используется граф де Брюина, на втором – граф перекрытий, на третьем – граф де Брюина и граф, схожий с графом перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях генома бактерии E. Coli (рамер генома – около 4,5 миллионов нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома – около миллиарда нуклеотидов).